第十二条 中央补助资金由财政部下达省级财政部门，并抄送省级水利部门。省级财政部门按照规定的预算级次和程序下达资金，并抄送同级水利部门。 
第十三条 中央补助资金原则上与各地安排的补助资金一并直接补助到实施项目的农户、农民用水户协会或其他专业合作组织和村组集体，具体形式视当地实际情况而定。资金管理实行县级财政报账制。 
第十四条 各级财政、水利部门要加强监督检查。县级水利、财政部门应将年度实施项目情况在当地主要媒体公示，资金的使用情况要向受益区农民张榜公布，接受群众监督，严禁截留、挤占和挪用，确保资金发挥效益。 
第十五条 在小型农田水利专项资金管理过程中，对违反本办法行为的，依照《财政违法行为处罚处分条例》(国务院令第427号)给予处理、处罚、处分。