保费补贴资金实行国库集中支付。地方财政部门主管保费补贴工作的业务处负责代编资金支付用款计划，根据预算执行进度向同级财政国库部门提出财政直接支付申请。地方财政部门需通过中央专项资金财政零余额账户、中央专项资金特设专户，将保费补贴资金支付到经办机构。
第二十六条 尚未开设中央专项资金特设专户的地方，应当参照《财政部、教育部关于印发〈农村义务教育经费保障机制改革中央专项资金支付管理暂行办法〉的通知》(财库〔2006〕23号)等财政国库管理制度关于中央专项资金特设专户的有关要求，办理账户开设和信息备案手续。
第二十七条 财政部于每年2月10日以前参照上年度保费补贴资金预算及本年度保费补贴资金预算申请情况，向省级财政部门预拨部分本年度保费补贴资金。
第二十八条 在确认省级财政部门承担的本年度保费补贴资金全部到位以后，财政部根据本年度下达的保费补贴资金预算和年初预拨保费补贴资金情况，将剩余部分的保费补贴资金拨付到省级财政部门。
第二十九条 省级财政部门需将收到财政部拨付保费补贴资金后的预算分解文件、拨付保费补贴资金的预算文件以及财政部要求报送的其他有关信息，及时报财政部备案。
第三十条 地方财政部门应根据经办机构的承保进度及签单情况，及时向经办机构拨付保费补贴资金，不得拖欠。经办机构须将结余的保费补贴资金全部上缴地方财政部门。
第三十一条 省级财政部门应于年度终了后1个月内对上年度的保费补贴资金进行结算，编制保费补贴资金年度决算。
第三十二条 财政部通过财政国库动态监控系统，对保费补贴资金支付情况进行动态监控。地方财政国库部门签发财政直接支付指令需载明的信息，以及向财政部反馈的动态监控信息，按照《财政部关于财政农业保险保费补贴国库集中支付有关事项的通知》(财库〔2007〕58号)等有关规定执行。